W miejscu, gdzie stoi obecnie, został ustawiony dopiero w XVI w., gdy zaczęto budować nową Bazylikę św. Piotra. Wcześniej obelisk stał w innym miejscu. Przy bocznej ścianie zakrystii Bazyliki św. Piotra na dziedzińcu, który nosi nazwę „Pierwszych Męczenników”. Był to teren sławnego cyrku Nerona, miejsca gdzie rozegrał się dramat.

Formuła 1 starożytności
Obelisk znalazł się w Rzymie, gdy imperium rządził szalony cesarz Kaligula. Słynął m.in. z wielkiego zamiłowania do wyścigów rydwanów, które w tym czasie wzbudzały takie emocje, jak dzisiaj pojedynki bolidów w Formule 1. W 40 r. Kaligula postanowił zbudować nowy stadion. Wybrał miejsce na obrzeżach Rzymu, położone w dolince między dwoma wzgórzami – Vaticanum i Janiculum. W pobliżu przechodziła jedna z ważniejszych dróg starożytnego Rzymu Via Kornelia, mniej więcej przez środek współczesnego Watykanu i Bazyliki św. Piotra.

Kaligula nie zdążył dokończyć dzieła. Po krótkim panowaniu został zamordowany. Budowę kontynuował jego następca Klaudiusz, a ukończył Neron. Cyrk nazwano jego imieniem. Cyrk Nerona był okazałą budowlą. Trybuny umieszczono po obu dłuższych bokach i jednym krótszym. Dla ludu ławy były drewniane, dla senatorów kamienne. Lożę cesarską wyłożono marmurami. Tam siadywał Neron ze świtą. Czwarty, krótki, bok cyrku zajmowały stajnie i pomieszczenia gospodarcze. Areną zmagań był wielki tor wyścigowy, na którym mogło się ścigać jednocześnie kilka rydwanów. Podzielony był na dwie części, odgrodzone od siebie niskim murem (spina) zwieńczonym na końcach potrójnymi słupkami zwanymi metą. Jeszcze w czasach Kaliguli dla ozdoby cyrku sprowadzono z Egiptu gigantyczny obelisk z epoki faraonów, cały pokryty inskrypcjami. Z rozkazu Nerona obelisk stanął w centrum cyrku.

Prowokacja Nerona
Dramat chrześcij an zaczął się 19 lipca 64 r. W okolicach Wielkiego Cyrku (Circo Massimo) koło Palatynu wybuchł pożar, który przez blisko tydzień pustoszył Rzym. Straty były ogromne. Spośród 14 dzielnic miasta, tylko cztery uniknęły zniszczeń. Historycy nie potwierdzają, że pożar wywołał Neron, aby przy blasku płonącego miasta śpiewać o zagładzie Troi. Faktem jest jednak, że taka plotka dość szybko obiegła Wieczne Miasto, wywołując gniew ludu, którego nie zahamowało ani rozdawnictwo żywności, ani otworzenie cesarskich posiadłości dla pogorzelców. Nie wiadomo, kto podsunął Neronowi pomysł zrzucenia odpowiedzialności za pożar stolicy na liczną już gminę chrześcijańską w tym mieście. Faktem jest, że latem 64 r. rozpoczęło się polowanie na chrześcij an. Z ich śmierci Neron postanowił uczynić widowisko, które opisał Tacyt, historyk niechętny chrześcijanom, ale rzetelny co do faktów. „A śmierć ich przydano to urągowisko, że okryci skórami dzikich zwierząt ginęli rozszarpywani przez psy albo przybici do krzyżów, albo przeznaczeni na pastwę płomieni; gdy zabrakło dnia, palili się służąc za nocne pochodnie. Na to widowisko ofiarował Neron swój park i wydał igrzyska w cyrku, gdzie w przebraniu woźnicy z tłumem się mieszał lub na wozie stawał”.

Obelisk stojący w centrum cyrku był niemym świadkiem tych strasznych scen. Dla współczesnych był tak ważnym punktem odniesienia, że o pierwszych męczennikach powiadano, że zginęli iuxta obeliscum, czyli w pobliżu obelisku. Według tradycji, daty historycznej nie znamy, 29 czerwca 67 r. ukrzyżowano tam także apostoła Piotra. Po zdjęciu z krzyża jego ciało pochowano w ubogiej nekropolii, biegnącej wzdłuż Via Kornelia, niedaleko od miejsca męczeńskiej śmierci. Cyrk Nerona niedługo przetrwał swego budowniczego. W ruinę popadł w II wieku. Natomiast grób pierwszego biskupa Rzymu od początku był otaczany kultem. W IV wieku, kiedy ustały prześladowania chrześcij an, nad grobem Piotra i częścią powierzchni cyrku zbudowana została przez cesarza Konstantyna wspaniała świątynia, której następcą jest obecna Bazylika św. Piotra. W jej centralnym miejscu jest grób Apostoła. Na bazylikę zaś ciągle spogląda obelisk, w którego kamieniu na zawsze zamknięte zostały krzyki, błagania i modlitwy Piotra i jego towarzyszy.