Jan urodził się ok. 349 r. w Antiochii, ówczesnej metropolii prowincji syryjskiej, jednym z największych miast świata. Pochodził z możnej rodziny. Jego ojciec był oficerem cesarskim. Wcześnie umarł. Wszechstronne wykształcenie zapewniła mu matka. U jej boku wiódł życie na pół mnisze. Rozczytywał się w klasykach i uczył się ich na pamięć. Lubił też rozrywkę i nie gardził młodzieńczymi figlami.
Chrzest przyjął dopiero, gdy miał 20 lat. To był punkt zwrotny w jego dotychczasowym życiu. Wstąpił do stanu duchownego. Jako lektor uczestniczył w służbie liturgicznej u boku biskupa Antiochii, Melecjusza. Jednak po śmierci matki (372) opuścił Antiochię i udał się na pustkowie, by tam prowadzić życie ascetyczne. Tam spędził w jakiejś grocie 4 lata. Zbyt surowe życie tak dalece nadwyrężyło mu zdrowie, że musiał pustynię opuścić. Powrócił więc do Antiochii, gdzie ponownie pełnił obowiązki lektora (378), a potem diakona (381).
Święcenia kapłańskie przyjął w roku 385, gdy miał już ok. 36 lat. W roku 387 powstały przeciwko cesarzowi, Teodozemu I Wielkiemu, w Antiochii rozruchy. Rozjuszony tłum zaczął rozbijać pomniki cesarza, co wywołało ze strony władz represje. Wtedy to Jan wygłosił słynne Mowy wielkopostne, w których zganił popędliwość ludu, a równocześnie wstawiał się za nim. Wpłynął także na biskupa Antiochii, Flawiana, by się osobiście wstawił za swoim ludem u cesarza, co ten też uczynił. Cesarz ogłosił amnestię i zakazał swojemu namiestnikowi represji. To zjednało Janowi wielką wdzięczność ludu. Na jego kazania uczęszczały tłumy.
W roku 397 zmarł patriarcha Konstantynopola. Urząd ten cesarz ofiarował Janowi. Konsekrowany na biskupa przez patriarchę Aleksandrii z całym zapałem wziął się do pracy dla swojej owczarni. Udało mu się najpierw pojednać ze Stolicą Apostolską biskupa Antiochii, Flawiana. W ten sposób zakończyła się przykra schizma z Rzymem. Na swoim dworze zniósł wszelki przepych, jakim dotąd otaczali się jego poprzednicy. Zachęcał swoje duchowieństwo do podobnej reformy. Lud ujął sobie wspaniałymi kazaniami, jakie regularnie wygłaszał, i troską o jego potrzeby. Piętnował nadużycia, nie szczędząc także dworu cesarskiego. Podniósł splendor nabożeństw liturgicznych. Dla ubogich i bezdomnych wystawiał gospody i schroniska. Użyczył azylu nawet ministrowi cesarskiemu, kiedy ten popadł w niełaskę. Wysyłał misjonarzy na obszary objęte przez Arabów.

Z czasem jednak pojawili się przeciwnicy radykalnego patriarchy. Duchowni mieli mu za złe, że zbyt wiele od nich wymagał; klasztory, że wprowadzał w nich pierwotną karność, a zwalczał rozluźnienie; naraził się na gwałtowne ataki ze strony św. Epifaniusza, że dał u siebie schronienie zwalczanym zwolennikom nauki Orygenesa, że okazuje jawnie sympatie dla Orygenesa. Najwięcej kłopotów wywołało jednak to, że Jan zaatakował w swoich kazaniach zbyt swobodne życie dworu cesarskiego, przede wszystkim cesarzowej Eudoksji. Z polecenia cesarzowej zwołano pod Chalcedonem synod, zwany "pod Dębem" (nazwa wywodzi się od miejscowości Onercia - Dąb), gdzie wrogowie Jana pod przewodnictwem patriarchy Aleksandrii, Teofila, posunęli się aż do tego, że usunęli Jana z urzędu patriarchy, a cesarzowa skazała go na banicję. Wywieziono go do Prenetos w Bitynii. Lud jednak tak gwałtownie wystąpił w obronie swego pasterza, że cesarzowa była zmuszona przywrócić biskupowi wolność.
Spokój jednak trwał krótko. Cesarzowa kazała wystawić sobie pomnik przed samą katedrą św. Zofii (Mądrości Bożej), gdzie urządzano krzykliwe festyny i zabawy, nie licujące ze świętym miejscem. Jan wystąpił w kazaniu z całą stanowczością. W odwecie cesarzowa zwołała do Konstantynopola synod swoich zwolenników, który ponownie go deponował. Na mocy orzeczeń tegoż synodu cesarzowa w roku 404 skazała Jana na wygnanie. Wśród szykan i niewygód prowadzono go do Cezarei Kapadockiej, stąd do Tauru, wreszcie do Pontu nad Morzem Czarnym. Zima była bardzo surowa, co wymagało od biskupa szczególnego hartu. On jednak nie załamał się. Pisywał listy do papieża i do wpływowych i wiernych sobie osób. Papież pięknym listem pochwalił bohaterstwo Chryzostoma i wysłał legatów w jego obronie do Konstantynopola. Dwór cesarski jednak ich nie przyjął.

Zmarł w drodze 14 września 407 r. Już w roku 428 Kościół w Konstantynopolu obchodził doroczną pamiątkę św. Jana Chryzostoma. W roku 438 na żądanie patriarchy stolicy cesarstwa, św. Proklusa, cesarz Teodozy II nakazał sprowadzić relikwie Chryzostoma. 27 stycznia 438 r. triumfalnie witał je Konstantynopol. Ciało złożono w kościele Dwunastu Apostołów. W roku 1489 sułtan turecki, Bajazed II, podarował te relikwie królowi francuskiemu, Karolowi VIII. Od roku 1627 relikwie znajdują się w Rzymie, w bazylice św. Piotra, w kaplicy Najświętszego Sakramentu. Jego relikwie znajdują się dzisiaj także na Górze Athos, w Brugii, Clairvaux, Dubrowniku, Kijowie, Maintz, Messynie, Moskwie, Paryżu i Wenecji.
Pozostawił po sobie ogromną spuściznę literacką. Obok wspaniałych mów i szerokiej korespondencji zachowały się teologiczne traktaty o naturze boskiej i ludzkiej Jezusa, o Eucharystii - jako identycznej ofierze z ofiarą na Krzyżu, o prymacie papieskim, O kapłaństwie, O wychowaniu syna oraz Przeciwko Żydom i poganom. Kazania są w znacznej mierze komentarzem Pisma świętego. Przede wszystkim Jan Chryzostom wyróżnił się jako znakomity znawca pism św. Pawła Apostoła. Całość dzieł Chryzostoma obejmuje kilka opasłych tomów.
Św. Jan Chryzostom należy do czterech wielkich doktorów Kościoła wschodniego obok św. Bazylego, św. Grzegorza z Nazjanzu i św. Cyryla Aleksandryjskiego. Na Wschodzie cieszy się Święty tak wielkim kultem, że jego imię wspomina się w roku liturgicznym kilka razy. Papież Pius V ogłosił go doktorem Kościoła (1568). Jest patronem kaznodziejów.