XV-, XVI- i XVII-wieczne starodruki oraz inkunabuły z zakonnego księgozbioru dotąd nie były pokazywane.  Wśród zakonserwowanych dzieł znalazł się m. in. "Missale Cracoviense" (Mszał Krakowski), wydany w Norymberdze w 1500 r., wydrukowany na papierze ręcznie czerpanym, z ręcznie kolorowanymi inicjałami.

Kolejne zakonserwowane dzieła to "Biblia pauperum" Nicolausa de Hanapisa, wydana w Strasburgu w 1490 r., w miękkiej pergaminowej oprawie; starodruk Marco da Lisboa "Kroniki Trzech Zakonów postanowionych od Ojca ś. Franciszka. Pierwsza i wtóra część" (Kraków 1610) w przekładzie bernardyńskiego zakonnika dokonanym w moskiewskim więzieniu w latach 1606-1608; i inkunabuł Thomasa de Aquino "Quaestiones de duodecym quodlibet", wyd. w Wenecji w 1495 r.